超算常见问题与帮助汇总

1. 如何申请超算中心的账户?
答:武汉大学超算中心官网有申请页面,http://hpc.whu.edu.cn/apply/

2. 如何连上超算?
答:请查看,http://hpc.whu.edu.cn/connect/

3. 怎么切换到计算节点?
答:首先查找节点的名称,然后开一个终端用ssh连接,如:ssh xxxx @202.114.96.180 (xxxx 为您的超算用户名)。

4. 如何查看自己账户的核心限制个数信息?
答:sacctmgr show ass account=xxxx (xxxx为您的超算用户名)。

5. 什么命令可以获取当前任务所用的核心个数?
答:使用SLURM_CPUS_PER_TASK环境变量。

6. 能否提交下载数据类的脚本作业?
答:不能,计算节点都在内网,可以把需要的数据先下载下来,再计算。

7. 在hpxg上提交正常,在hpib上提交就会一直暂停,取消了在提交也是这样,是什么原因?
答:每个用户在hpib上缺省只有16个cpu核,hpxg上是16个。

8. hpxg上应该也可以多线程并行,但是好像没有并行起来?
答:hpxg上单节点是可以多进程的,但必须是程序自身的功能;如果程序本身是单进程(线程)的,就算调度系统分配给它16个cpu没意义。

9. 发现有时候有的case开4核可以开始马上计算,8核就需要等待了,这是什么原因?
答:有些机器是冷idle状态,唤醒需要5-15分钟,可能4核刚好有机器满足,8核可能需要重开一台机器,你的任务提交到运行可能需要一段时间,这种情况下需要耐心等待一会。

10. 老师,我自己在目录下安装了openmpi,在脚本修改了 –mpi=openpi,但还是并行不了?
答:请参考下这个,其中 http://hpc.whu.edu.cn/mpiguide/,intel MPI,MPICH,OpenMPI都有说明。

11. 请问现在hpib调用多少核才不用排队?
答:默认情况下是每用户50核心数。

12. 请问下有没有命令可以把我们提交的任务全部取消?
答:scancel xxxx (xxxx为用户名),另外如果是采用- srun提交的任务,直接ctl+c就取消了你的全部任务,sbatch提交的就不能用ctl+c了。

13. 怎样才能用到xgL分区?
答:加参数 -p xgL 即可。

14. 一个sbatch里面不能同时用2个分区?
答:不能,后提交的会覆盖前面的。如果想批量提交作业,sbatch 有个job array的功能,可以大批量提交作业,可参考man手册页。

15. 学校外面怎样使用vpn登录?
答:武大信息门户登陆后,有一个VPN通道,登录到校园网的计算机做跳板 然后再登录超算。

16. 超算中心目前的infiniband是什么规格的?
答:FDR 56Gbps 互联。

17. 在 matlab前面加个srun就可以在非登录节点运行matlab了吗?
答:是的。

18. 超算中心的Fortran是不是不支持Fortran95/2003?
答:目前安装的是GNU和intel编译器,主要支持fortran77和fortran90。

19. 超算服务器节点上,能联网下数据吗?
答:为了安全起见,登录节点n0255上可以,其他的计算几点则不行,其余节点都是一个内部环境。

20. 有人知道openfoam如何安装吗?
答:这里有个文档:http://blog.csdn.net/ztq157677114/article/details/49819925,里面涉及的软件库大部分在/home/software下面已经有了。

21. 请问操作手册里的cas文件是用什么语言编写的?
答:cas和dat文件都是在自己电脑上的fluent生成的。

22. 使用matlab时上翻出现[[A^,怎么解决啊,改xshell的键盘设置也没有用?
答:参考一下这个:http://blog.csdn.net/chenggong2dm/article/details/8290306 。

23. 请问怎么用脚本文件编译多个fortran文件?
答:编写makefile文件。

24. 怎么才能不在登陆节点上编译?
答:编译只能在登录节点上做,登录节点就是让你做这个的。

25. 请问一下,咱们集群可以指定节点吗?
答:可以,用-w参数,sbatch和srun都可以,例如:在脚本里面 sbatch -w n[0001,0005-0010]这样的形式。

26. 有个问题,用srun提交多个任务的时候,为什么会挤压别人提交的任务分配计算节点的效率。和为什么多用sbatch,能够高效一些?
答:比如说,提交100个任务,用srun的话等于call系统100次,如果用sbatch,就是call系统一次,然后系统自己去完成节点分配,你call系统越多越频繁,系统就会很繁忙,其他用户的call就会处于较长时间的等待。

27. 目前超算系统是否会对计算的数据进行备份?
答:目前不会。

28. 超算中心能直接跑fortran吗?
答:可以,重新编译即可:ifort -O2 *.f90 -o ex;./ex或者把ifort改成gfortran,不过如果你的fortran程序是并行的话,可能需要加并行编译选项。推荐用ifort,编译出来的代码运行速度快。

29. win下notepad++编写的代码,vim打开存在‘^M’,是什么原因?
答:Windows下换行标识和Unix不同,用dos2unix命令。

30. Invalid account or account/partition combination specified
答:权限问题,您的账号没有指定分区(列队)的权限。